WinCE계열에서는 FAT방식의 포맷방식을 지원합니다.

FAT방식은 데이터 기록부분을 클러스터로 나눠서 블럭을 쌓듯이 데이터를 기록합니다.
예를 들어 어떤 저장장치의 클러스터 하나의 용량을 1KB로 가정하면 5KB를 저장할 때 5개의 클러스터를 사용합니다.
그렇다면 4.5KB를 저장하면 어떻게될까요?

정답은 5개입니다.

클러스터의 크기는 일정하기때문에 더 적은 용량이 들어가도 클러스터 하나 전체를 사용합니다.
즉 4.5KB를 저장해도 실제는 5KB가 기록이 됩니다.
따라서 어느정도 용량이 낭비될 수밖에 없습니다.
특히 파일 용량이 적고 그 수가 많을 수록 많은 용량이 낭비되지요.

위의 이유로 클러스터의 크기가 적을 수록 용량에서 유리합니다.

그러나 클러스터가 적으면 PDA와 같은 처리능력이 적은 기기에서는 속도가 떨어지게됩니다.
클러스터 하나하나가 전송단위도 되는데
클러스터가 적을 수록 처리량이 많아지기때문일 것으로 생각합니다.

좀 어려운가요?
이제 본론으로 넘어가지요.

FAT방식은 FAT16과 FAT32로 나눠집니다.
먼저 두 방식에 대해 간단히 적어봅니다.

▶FAT16
DOS시절부터 사용하던 방식입니다.
이론상 4GB까지 지원하지만 일반적으로 2GB까지 제한합니다.
WinNT에서는 3~4GB까지 지원하기도 합니다.
(WinNT를 계승한 Win2000, WinXP 이후버전도 4GB까지 지원합니다.)

▶FAT32
저장용량이 커지고, 클러스터가 커서 용량 낭비가 심해지게되자
용량제한을 풀고 파일관리를 좀 더 효율적으로 하기위해서 FAT16을 개량해서 만든 방식입니다.
Windows95 OSR2부터 사용하기 시작했습니다.
최대 2TB까지 지원하지만
안정성문제인지 단순히 NTFS늘 널리 알리기위함인지
WindowsXP에서는 FAT32의 포맷용량을 32GB로 제한하고 있습니다.

두 방식의 가장 큰 차이는 클러스터 크기입니다.

FAT16은 저장장치의 용량에따라
64MB : 2K
128MB : 2K
256MB : 4K
512MB : 8K
1024MB : 16K
2048MB : 32K
4096MB : 64K
로 클러스터 크기를 정하고
FAT32는 8GB까지 0.5KB 또는 4KB로 일정합니다.
(이동식 디스크로 인식되면 클러스터크기를 4KB로 설정하는 것 같습니다.)

따라서 용량의 낭비를 줄이려면 FAT32를 이용하고
속도를 우선시한다면 FAT16을 이용하기를 권장합니다.

그리고 두 파티션 방식에따라 지원하는 기기도 다릅니다.
FAT16은 대부분의 전자기기에서 지원하지만
FAT32를 지원하는 기기는 많지않습니다. (최근들어 기본적으로 지원하고 있습니다.)
보통 메모리카드 슬롯이 있는 제품에서 추가로 확장할 수 있는 용량을 2GB로 제한하는 이유도 이 이유때문일 것입니다.

따라서 호환성을 중요시한다면 FAT16을 사용해야합니다.

※참고사항
포맷방식에 따른 낭비된 용량은 Pocket Mechanic의 Card Information -> Space -> Slack Size로 확인할 수 있습니다.

클러스터 크기를 임의로 정할 수 있지만
PocketPC, Win2000이후OS 이외의 전자기기에 넣어서 사용할 경우 인식불가나 데이터손실이 발생할 수 있습니다.

SD카드, CF카드도 WinCE에서 파티션을 나눌 수 있지만 호환성이 떨어집니다.
(WinCE, PocketPC, Win98에서는 제대로 인식되지만 WinXP에서는 파티션 하나만 인식합니다.)

참고! PDA에서 SoftWinter사의 Storage Tools로 FAT32 포맷 시
클러스터 크기가 0.5KB로 설정되어 있는데 4KB로 바꿔서 포맷하세요.
그렇지 않으면 속도가 현저하게 떨어지게 됩니다.
(0.5KB와 4KB 둘 다 표준인 것 같습니다.)